微波能量的不均匀分布

微波炉的工作原理是利用非离子化电磁能将水分子振动，产生热量。然而，这种技术并不是完美无缺的。在某些情况下，微波能量可能会集中在食物表面，而不是彻底加热到中心部位。这可能导致食物的一部分被加热得太多，而另一部分则几乎没有加热，从而影响营养素和口感。此外，当食物被过度加热时，它们也更容易变质和氧化，这对于维持营养价值和保存新鲜度都是有害的。

食品中添加剂与化学反应

现代食品往往含有各种添加剂，如防腐剂、色素等。这些添加剂在高温下会发生化学反应，从而释放出对人体健康有害的化学物质。例如，一些塑料容器在高温下会释放出代谢活性调节者（BPA），这是一种已知的人体毒素，对生殖系统、肝脏以及其他器官都有潜在危害。

营养素破坏与减少

长时间或高强度加热可以破坏许多水溶性维生素如维生素C、B群，以及矿物质，如锌和铁。因此，如果不恰当地使用微波炉，加上再次烹饪，甚至可能导致营养价值的大幅降低，使得原本应该是营养丰富的食物变成了低质量食品。

食品中致癌成分生成

一些研究表明，使用微波炉煮熟肉类时，特别是在未完全消化之前，有助于形成一系列新的致癌产物。这包括称为胺基酸酶-催化过氧化合成（AAS）过程中的复杂产品，它们比原始肉类更具突变性，并且与人类大肠癌有关联。

烟雾引起呼吸道问题

每当打开或关闭微波炉门，都会产生大量烟雾。如果室内通风不足，这些烟雾中的颗粒可以悬浮在空气中，为呼吸道造成困扰，并且对于哮喘患者尤其具有挑战性。此外，不正确地清洁或保养微波炉内部也会增加尘埃和细菌进入空气的问题。

电磁辐射安全问题

虽然科学界普遍认为家庭用途级别的微波炉不会给人体造成电磁辐射伤害，但仍有一些争议存在。一方面，有关人员建议保持一定距离，以免受到“非直线”辐射所带来的不确定风险；另一方面，一些研究指出短暂暴露于较弱电磁场下并不显著影响健康。但由于这一领域仍然存在争议，最好遵循制造商提供的操作指导来确保安全运作。