微波能量对食物中的水分和营养素进行加热，可能会破坏某些维生素和矿物质。长期高温下煮熟的食物中含有的维生素C、维生素B群等水溶性维生素会随着蒸汽一起逸出，导致其在微波炉中煮熟后含量大幅度降低。因此，在使用微波炉时应尽量减少烹饪时间，以最小化营养损失。

使用不适当大小或形状的容器有可能引发爆炸危险。由于微波能在水分丰富的地方聚集并产生热量，因此如果放置了一个过于紧密或不均匀装满食物的大容器，内部压力可能会增加到极限，从而导致容器破裂或冒泡，并且散发出强烈气味甚至造成火灾。

不正确地清洗微波炉内壁也是一种潜在的健康风险。当食品残渣被加热并且未被彻底清理时，它们可以变成一种化学反应发生地面，这种现象通常称为“焦黑”。这种焦黑具有致癌性，对人类健康构成威胁，因此应该定期清洁并检查所有可移动部件以确保它们工作正常无故障。

长时间暴露在高频电磁辐射环境中，有关科学家认为可能对人体健康产生影响。这包括但不限于儿童、孕妇以及有慢性疾病的人群。在这些人群中，长时间接触到强大的非离子辐射源（如一些早期型号的厨房用途设备）存在着提高患上神经系统疾病风险的问题，而对于其他人来说，他们仍然需要采取措施来保护自己免受这些辐射带来的负面影响。

使用塑料餐具在微波炉内加热也是需要注意的事项之一，因为有些塑料制品对高温敏感，一旦超出了制造商建议的温度限制就会释放出有害化学物质，如丁基苯丙胺（BBP）、多氯联苯（PCBs）等，这些都是已知的人类致癌剂。如果必须使用塑料餐具，最好选择那些标记为“安全用于电磁炉”的产品，并遵循制造商提供的具体指导说明。